První písemné zmínky o vsi pochází z roku 1436 (Lhotka), 1560 (Lhota pod Libcziany) a 1837 (Lhota bei oder unter Liebtschan).
Název vsi je odvozen od jejího zakládacího statutu. Lhůta (lhóta) znamenala smluvní osvobození od plateb u osady na lesní půdě v době mýcení lesa a zakládání polí. Přídomek pod Libčany byl pro upřesnění častého místního jména, zvláště když poblíž byla další Vlčkova Lhota (Vlčkovice).
Vznikla kolonizací v 12. století. Ves zprvu patřila pod Opatovický
klášter. Po jeho zničení patřila Divišovi Bořkovi z Miletínka, později
příslušela pod Kunětickou Horu. Nakonec, v roce 1621 připadla Pardubicím, ale zčásti příslušela i k Roudnici. Ves byla roku 1589 v držení Jiřího Balbína
Škornice z Vorličné. Po něm ves vlastnil jeho syn Jan Bedřich, jeho vnukem
byl Bohuslav Alois Balbín Škornice.
V roce 1774 byla zřízena soukromá škola, ve které se vyučovalo až do roku
1870, kdy byla prohlášena za státní. V obci se na samotě, ale v katastru
obce, narodil loutkář Matěj Kopecký (1775-1847).
V roce 1884 byl založen v obci Čtenářský spolek s hasičským odborem. Roku
1902 byl ustaven Záložní a spořitelní spolek, po dvou letech byla zbudována
sušárna čekanky. V roce 1906 byla otevřena nová škola. Později bylo v obci
postaveno zemědělské skladiště a družstevní mlýn. Svaz pro elektrickou
energii zahájil svou činnost v roce 1911 a téhož roku získala obec železniční
zastávku. V roce 1920 byl založen Sokol.
Před 2. světovou válkou byla v obci továrna na lepenky a linolea, továrna
na kávovinové náhražky a byla zde výrobna lustrů a praček SVIT. Po válce byly tyto továrny a provozy likvidovány. Po druhé světové válce byla rozšířena výstavba rodinných domů.
První písemné zmínky o části Hubenice pochází z roku 1395 (Biednicz), 1395 (Hubenicze) a 1558 (Hubenicze). Vznik názvu vsi není zcela
jasný. Pravděpodobně je odvozen od lidí hubených, bídných, jak o tom svědčí prvý písemný záznam.
Ves v roce 1414 patřila zemanu Prokopovi z Prav spolu s knězem Václavem
Zdislavem z Libčan. Prokop prodal svůj díl Václavovi z Čečevse. V 15. století
připadly Hubenice Pernštejnům. Roku 1560 prodal Vilém Pernštejnský ves
císaři Ferdinandovi.
Ves byla stále malá, až roku 1948 dostala peníze na výstavbu. V roce 1949
byly Hubenice součástí Pardubického okresu, ale na vlastní žádost změnily
příslušnost k okresu Hradec Králové. Pro odvodnění obce byl vybudován obecní rybník.