První písemné zmínky o vsi Kratonohy pochází z roku 1316 (Cratonoch), 1321 (Cratonoh), 1352 (Krathonoh), 1369 (Cratonoh), 1386 (Crathonoh), 1409 (Kratonozie) a 1498 (Kratonohy).
Jméno vsi je odvozeno od ironické přezdívky (posměšného označení)
některých lidí ze vsi, kratinožka, kraťnoha. Je to jméno poměrně staré,
výskyt tohoto typu jmen u nově vzniklých vesnic se předpokládá v 11. až 12.
století.
První písemné zmínky o části Michnovka pochází z roku 1720 (Michnowitz), 1790 (Michnowitz, Michnanka), 1835 (Michnowka) a 1877 (Michňovka).
Před vsí existoval na stejném místě dvůr a ovčín, který se jmenoval
Vejrov. Jméno nově založená ves dostala roku 1701 podle majitele Jana Václava Michny z Vacínova.
Kratonohy podle pověsti založil Býd, syn Kouřimského knížete Slavomila na
místě, kde se svými lidmi tři dny odpočíval. Z toho lidová etymologie
usoudila na název obce. Unaveným lidem se krátil krok, přeneseně i nohy.
Účelem tohoto etymologického vysvětlení názvu bylo nahrazení původu ironické přezdívky.
Vesnice měla nepřehledné vlastnické vztahy. V letech 1318 až 1323 ves měli
v držení Tluček, Bohuněk, Licek, Mikuláš a Sezema z Kratonoh. V 14. století
pravděpodobně již existovala tvrz, ale nejstarší písemný doklad o tvrzi
pochází z 16. století. Ve druhé polovině 14. stol. se jako majitelé připomínají pánové z Častolovic, Licek z Kratonoh a Perchta, dcera Sezemy z Kostomlat. Perchta nějaký majetek věnovala klášteru Sv. Jiří v Praze. V letech 1407 až 1467 se objevují Hroch z Dobřenic a bratři Jiří a Adam Dobřenští. V roce 1447 loupil v Kratonohách Hašek z Valdštejna; patrně byla poškozena tvrz. Z řeky Bystřice byl v Kratonohách zřízen náhon, který zásoboval Třesický rybník (1452).
V roce 1467 drželi Kratonohy také bratři Jiří a Bavor z Mokrovous. Od
konce 15. století až do Bílé hory drželi Kratonohy Dobřenští. Mezi nimi byl
také hejtman hradeckého kraje Václav Dobřenský z Dobřenice (zemřel 1608). V 16. století vznikl trmalovský dvůr. Dnes po něm zbyl jen místní název Trmálka. V roce 1623 Kratonohy za 20 800 kop míšeňských koupila Alžběta Vchynská z Vchynic na Chlumci. Statek do roku 1644 měli Kinští, ti však jej pro dluhy odprodali Asterlům z Asterfeldu a po nich Bryslové.
Během 17. století zanikla tvrz a již se nevyskytuje v soupisu majetku. Ves
připadla Bryslům. Barbora, vdova po Františku Bryslovi (zemřel 1692),
prodala roku 1701 Kratonohy svému bratru Václavu Michnovi z Vacínova. Ten roku 1710 postavil nový kostel a obnovil zaniklou faru. Na místě dvora a ovčína založil ves po něm nazvanou Michnovka. O vsi je první zmínka v roce 1720, ke vsi patřil ještě dvůr s ovčínem a samota Bílá Hlína. Václav Michna Kratonohy prodal opět Václavu Norbertu Kinskému, svému protivníku ve sporu o prohraný náhon. Někdy poté byl postaven na místě bývalé tvrze zámeček; autorem návrhu mohl být G. Santini, ale byl to spíše některý z jeho následovníků. V Kratonohách byl rod lidových básníků Volných. Prvý byl Lukáš Volný (1645-1732) po něm byl Václav Volný, jehož životní data se nezachovala. Posledním byl Jiří Volný (1675 – 1745), šafář a vrchní ovčák, který skládal veselé písně. Většina písní byla zničena požárem v roce 1750, ale některé zbylé vydal Hanka v Hradci Králové roku 1822 pod názvem „Jiřího Volného písně veselé“. Na počátku 18. století byla zřízena farní škola.
Za panství Kinských Kratonohy i se zámkem zůstávaly ve stínu chlumecké rezidence Karlova koruna a ve druhé polovině 18. století Kratonohy splynuly s chlumeckým panstvím. Od roku 1772 tu jako správce působil despota Matyáš Graulich. Když 24. března 1775 vypuklo selské povstání také v Kratonohách, Graulich uprchl, ale stihl v zahradě uschovat většinu peněz. Po selských bouřích byl zámek opraven a přestavěn. Zámek zůstal ve vlastnictví až do 20. století. Část zámku a zbytky hospodářského dvora byly restituovány. V roce 1835 je v Kratonohách zmiňována cihelna. V Kratonohách existovala v roce 1841 jedna polygonální stodola. V roce 1877 žilo v obci osm židů a jeden evangelík. V obci byl pivovar, vinopalna, ovčín, myslivna a mlýn.
Nová škola byla postavena v letech 1870-1878. Před první světovou válkou
v ní vyučoval spisovatel Rudolf Medek.
V roce 1900 žilo v obcích farní osady Kratonohy (Kratonohy, Káranice,
Michnovka a Obědovice) 1449 katolíků, 5 evangelíků a 10 židů.